Система анализа нуклеиновых кислот, Геноскан 3000

Сканер Геноскан 3000 предназначен для проведения хромосомного микроматричного (ХМА) анализа, позволяющего проанализировать структуру всего генома в одном исследовании используя SNP-однонуклеотидные матрицы.

• хромосомный микроматричный анализ позволяет обнаружить:
• вариации числа копий ДНК (CNV) всего генома, включая:
• микроделеции/микродупликации размером от 1 тыс. п.н. до млн. п.н (и точное определение их генного состава),
• анеуплоидии,
• несбалансированные транслокации,
• точное определение точек разрыва,
• мозаицизм,
• нарушение плоидности,
• участки потери гетерозиготности (LoH), включая копий-нейтральные участки потери гетерозиготности (cnLoH),
• хромотрипсис,
• определить точечные полиморфизмы (SNP),
• выявить частые мутации в генах,
• определить видовую принадлежность ДНК,
• провести анализ экспрессии генов.

• в пренатальной диагностике для поиска хромосомной патологии плода,
• в постанальной диагностике для детей со множественными пороками развития, задержкой развития, аутизмом,
• для анализа постабортного материала для установления причины потери беременности,
• в онкологии для исследования опухолевых клеток.

• идентификация и паспортизизация сорта и породы сельскохозяйственных растений и животных,
• ДНК-скрининг селекционных маркеров при скрещивании и выявлении наследуемых патологий.

Для проведения хромосомного микроматричного анализа используется твердый носитель небольшого размера (микроматрица) из стекла или кремния. В определенном порядке к нему прикреплены короткие олигонуклеотиды (8-80 нп) или фрагменты ДНК/РНК (более 100 нп).

Матрицы, используемые для хромосомного микроматричного анализа, содержат до 2,7 млн. специфических олигонуклеотидов. Благодаря этому получают информацию о наличии генетического материала в аналогичном количестве точек генома. За счет высокой плотности маркеров можно определить минимальные потери/увеличение генетического материала всех регионов генома.

Задавая нужную последовательность ДНК-зондов, можно конструировать чипы для выявления практически любых последовательностей ДНК, определения точечных полиморфизмов (SNP), анализа копийности любых участков генома (CNV), определения видовой принадлежности ДНК, а также анализа экспрессии генов.

Рабочий процесс, проводимый системой Геноскан 3000, включает в себя амплификацию ДНК, далее фрагментацию и гибридизацию ДНК, затем лигирование, отмывку и визуализацию.

Эту систему можно приобрести с или без мощной компьютерной рабочей станции с четырехъядерными Xeon процессорами, сервера Affymetrix GeneChip Command Console (AGCC) и GeneChip AutoLoader.

Анализ полученных данных осуществляется с помощью бесплатных и постоянно обновляемых программ:

• Chromosome Analysis Suite (ChAS): для анализа числа копий,
• Multi-Sample Viewer (MSV): для анализа числа копий и соматических мутаций у большого количесва образцов одновренменно,
• Somatic Mutation Viewer 1.1, для соматичесих мутаций,
• Nexus Express Software для анализа числа копий и соматических мутаций.

• компактный размер для лучшего использования пространства,
• сканирование с более высоким разрешением от 0,51 до 2,5 мкм пикселизации, автоматически выбираемые по типу микроматрицы,
• оптимальная однородность изображения и эффективность сбора всей области сканирования благодаря запатентованной технологии Applied Biosystems Flying Objective,
• отсутствие дрейфа лазера и снижение вариабельности от сканера к сканеру,
• автоматическая регулировка коррекции остаточной дуги и x-линейности,
• совместимость с автозагрузчиком GeneChip Autoloader для самостоятельного сканирования до 48 микроматриц одновременно.

• время сканирования: 5-45 минут на один картридж в зависимости от типа микроматрицы,
• габариты, Г×В×Ш, см: 33×56×58 см, дополнительно 20 см к высоте для GeneChip AutoLoader,
• вес: 31,8 кг, 47,6 кг с GeneChip AutoLoader,
• питание: Напряжение: 100–240 В, ток: 2–4 А, частота: 50–60 Гц,
• связь с ПК: Dell Precision T5600XL Workstation,
• процессор: Intel Xeon Processor E5-2620,
• память: 8.0 GB,
• жесткий диск: Dual 900 GB,
• ОС: Microsoft Windows 7 Professional 64-bit,
• контроллер сетевого интерфейса: разработан с предустановленными и специализированными платами для контроля GeneChip Scanner или Applied Biosystems GeneChip Fluidics Station,
• DVD: 8x max DVD-R drive and 16x max DVD-RW drive,
• видео монитор: 20 in. flat-screen LCD monitor.