Система GeneTitan Multi-Channel — автоматическая высокопроизводительная станция для хромосомного микроматричного анализа (ХМА), анализа экспрессии генов, полногеномного SNP генотипирования и анализа микробиома, позволяет параллельно обрабатывать большое количество образцов без присмотра оператора.
Система GeneTitan Multi-Channel обьединяет в себе печь гибридизации, отмывочные станции и устройство визаулизации, что позволяет полностью автоматизировать процесс проведения анализа.
Данная система поддерживает 16-, 24-, 96- и 384-луночные микроматричные планшеты, благодаря чему становится возможным единовременное и автоматическое проведение анализа большого количества образцов.
Хромосомный микроматричный анализ (ХМА) позволяет обнаружить:
- вариации числа копий ДНК (CNV) всего генома, в т.ч.:
- микроделеции/микродупликации размером от 1 тыс. до млн. п.н (и точное определение их генного состава),
- анеуплоидии,
- несбалансированные транслокации,
- точное определение точек разрыва,
- мозаицизм,
- нарушение плоидности,
- участки потери гетерозиготности (LoH), включая копий-нейтральные участки потери гетрозиготности (cnLoH),
- хромотрипсис,
- определить точечные полиморфизмы (SNP),
- выявить частые мутации в генах,
- определить видовую принадлежность ДНК,
- провести анализ экспрессии генов.
Применения в клинической практике:
- в пренатальной диагностике для поиска хромосомной патологии плода,
- в постанальной диагностике для детей со множественными пороками развития, задержкой развития, аутизмом,
- для анализа постабортного материала для установления причины потери беременности,
- в онкологии для исследования опухолевых клеток.
Применения в агрогенетике:
- идентификация и паспортизизация сорта и породы сельскохозяйственных растений и животных,
- ДНК-скрининг селекционных маркеров при скрещивании и выявлении наследуемых патологий.
Принцип работы:
Для проведения ХМА используется твердый носитель небольшого размера (микроматрица) из стекла или кремния. В определенном порядке к нему прикреплены короткие олигонуклеотиды (8-80 н.п.) или фрагменты ДНК (более 100 н.п.).
Матрицы, используемые для ХМА, содержат до 2,7 млн. специфических олигонуклеотидов. Благодаря этому получают информацию о наличии генетического материала в аналогичном количестве точек генома. За счет высокой плотности маркеров можно определить минимальные потери/увеличение генетического материала всех регионов генома.
Задавая нужную последовательность ДНК-зондов, можно конструировать чипы для выявления практически любых последовательностей ДНК, определения точечных полиморфизмов (SNP), анализа копийности любых участков генома (CNV), определения видовой принадлежности ДНК, а также анализа экспрессии генов.
Этапы работы Системы GeneTitan Multi-Channel
Рабочий процесс, проводимый системой GeneTitan Multi-Channel, включает в себя амплификацию ДНК, далее фрагментацию и гибридизацию ДНК, затем лигирование, отмывку и визуализацию. Анализ полученных данных проводится с помощью бесплатных программ RHAS, MSV, ChAS.
GeneTitan Multi-Channel работает без присмотра в течение ночи, обеспечивая в 10 раз большую производительность по сравнению с другими платформами, а уникальная степень автоматизации означает превосходную воспроизводимость и повышенную уверенность в ваших результатах:
- всего 30 минут для любой микроматрицы, изображения микроматрицы менее, чем за 5 минут, работает без присмотра специалиста в течение ночи,
- удовлетворяет потребности как в средней, так и в высокой пропускной способности, позволяет сократить время обработки данных при меньшем количестве ресурсов,
- есть возможность проводить исследования экспрессии генов и генотипирования на различных микроматрицах,
- предназначена для получения высококачественных согласованных данных путем обработки нескольких образцов в идентичных условиях,
- создание гибких рабочих процессов и регистрация образцов с помощью программного обеспечения GeneChip Command Console (AGCC).
Комплектация GeneTitan Multi-Channel:
- GeneTitan Multi-Channel Instrument,
- рабочая станция,
- внешний считыватель штрих-кода,
- ПО командной консоли Applied Biosystems GeneChip (AGCC),
- APC Smart UPS 1500,
- ксеноновая дуговая лампа Lambda LS,
- система управления Lambda SC SmartShutter,
- запасная ксеноновая лампа,
- стеклянные бутылки для Wash A/B, DI water и waste,
- полка для бутылок GeneTitan.